31 Temmuz 2016 tarihli ve 669 sayılı Olağanüstü Hal Kapsamında Bazı Tedbirler Alınması ve Milli Savunma Üniversitesi Kurulması ile Bazı Kanunlarda Değişiklik Yapılmasına Dair Kanun Hükmünde Kararname (KHK) ile Milli Savunma Üniversitesi (MSÜ) kurulmuştur. Aynı KHK ile Harp Akademileri Kanunu yürürlükten kaldırılmış; Harp Akademileri, Askeri Liseler ve Astsubay Hazırlama Okulları kapatılmıştır.

Cumhurbaşkanlığının 04 Ekim 2016 tarihli ve 2016/97 sayılı Kararı ile Milli Savunma Üniversitesi Rektörlüğüne Prof.Dr. Erhan AFYONCU atanmıştır.

09 Kasım 2016 tarihli ve 6756 sayılı Olağanüstü Hal Kapsamında Bazı Tedbirler Alınması ve Milli Savunma Üniversitesi Kurulması ile Bazı Kanunlarda Değişiklik Yapılmasına Dair Kanun Hükmünde Kararnamenin Değiştirilerek Kabul Edilmesi Hakkında Kanun ile 669 sayılı KHK kanunlaşmıştır.

14 Kasım 2016 tarihli ve 2016/9522 sayılı Bakanlar Kurulu kararı ile MSÜ akademik birimleri aşağıdaki gibi teşkil edilmiştir:

a) Rektörlüğe bağlı Kara Harp Okulu, Deniz Harp Okulu ve Hava Harp Okulu,

b) Rektörlüğe bağlı Kara Astsubay Meslek Yüksekokulu, Deniz Astsubay Meslek Yüksekokulu, Hava Astsubay Meslek Yüksekokulu ve Bando Astsubay Meslek Yüksekokulu ve Yabancı Diller Yüksekokulu,

c) Rektörlüğe bağlı Müşterek Harp Enstitüsü, Kara Harp Enstitüsü, Deniz Harp Enstitüsü, Hava Harp Enstitüsü, Alparslan Savunma Bilimleri ve Milli Güvenlik Enstitüsü, Atatürk Stratejik Araştırmalar ve Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, Fatih Harp Tarihi ve Araştırmaları Enstitüsü.

Millî Savunma Bakanlığının 06 Ocak 2017 tarihli emriyle Rektör Yardımcıları atanmış ve Genel Sekreter görevlendirilmiştir.

MSÜ Rektörlüğü 09 Ocak 2017 tarihinden itibaren mülga Harp Akademileri Komutanlığı Yenilevent/İstanbul yerleşkesinde faaliyete başlamıştır.