Silahlı Kuvvetler Akademisine, Genelkurmay Başkanlığınca verilen kontenjana göre Kuvvet Komutanlıklarınca seçilen Bnb.-Alb. rütbelerindeki kurmay subaylar alınmıştır. Genelkurmay Başkanlığının emri ile 1969 yılından itibaren daha önce Silahlı Kuvvetler Akademisi eğitimini görmeyen kurmay subaylara da bu eğitim beşer aylık iki devre halinde tamamlattırılmıştır.

 Silahlı Kuvvetler Akademisi, 1971 yılında lağvedilmiştir. Görülen lüzum üzerine 15 Ekim 1976 tarihinde yeniden öğrenime açılmıştır. Silahlı Kuvvetler Akademisi, 08-09 Ocak 1977 tarihinde Yıldız’dan Yenilevent’teki yeni tesislerine taşınmıştır.

 Gnkur. Başkanlığının 20 Ağustos 1980 tarihli emriyle Silahlı Kuvvetler ve Millî Güvenlik Akademileri “Millî Güvenlik ve Silahlı Kuvvetler Akademisi” adıyla, Harp Akademileri Komutanlığına bağlı bir komutanlık altında birleştirilmiştir.

 1995 yılında Millî Güvenlik Akademisi, Silahlı Kuvvetler Akademisinden ayrılıp 27 Şubat 1995 tarihinde Ankara’ya taşınarak Millî Güvenlik Kurulu Genel Sekreterliğinin konuşlanmış olduğu binada eğitim ve öğretime başlamıştır.

 1977 yılından beri kullanılmakta olan binada yapısal sorunlar meydana gelmesi üzerine, Silahlı Kuvvetler Akademisi 24 Eylül 2010 tarihinde Atatürk Harp Oyunu ve Kültür Merkezi (AHOKM) binasına geçici olarak taşınmıştır.

 30 Haziran 2012 tarihli, 28339 sayılı Resmî Gazete’de yayımlanan 3563 sayılı Harp Akademileri Kanunu’nda yapılan değişiklik ile “Millî Güvenlik Akademisi Komutanlığı (MGA)” lağvedilmiş, “Silahlı Kuvvetler Akademisi Komutanlığı (SKA)” ismi ise “Silahlı Kuvvetler Yüksek Sevk ve İdare Akademisi Komutanlığı (SKYÜSİDAK)” olarak değiştirilmiştir.

 Tarihsel gelişmeler ve deneyimlerin yapılandırdığı bir sürecin sonunda, Genelkurmay Başkanlığına doğrudan bağlı Harp Akademileri Komutanlığı (HAK) bünyesinde bulunan; Silahlı Kuvvetler Yüksek Sevk ve İdare Akademisi (SKYÜSİDAK) faaliyetlerini 25 Temmuz 2016 tarihine kadar sürdürmüştür

 25 Temmuz 2016 tarihli, «Olağanüstü Hal Kapsamında Bazı Tedbirler Alınması ve Milli Savunma Üniversitesi Kurulması ile Bazı Kanunlarda Değişiklik Yapılmasına Dair» 669 sayılı Kanun Hükmünde Kararname (KHK) ile Milli Savunma Üniversitesi (MSÜ) kurulmuştur. Aynı KHK ile Harp Akademileri Kanunu yürürlükten kaldırılmıştır.

 Bakanlar Kurulu’nun 14 Kasım 2016 tarihli, 2016/9522 sayılı kararı ile MSÜ Teşkilatı oluşturulmuş, 25 Kasım 2016 tarihli Resmî Gazetede yayımlanmıştır. Aynı Bakanlar Kurulu kararı ile Silahlı Kuvvetler Yüksek Sevk ve İdare Akademisi (SKYÜSİDAK) yerine “Müşterek Harp Enstitüsü (MHE)” kurulmuştur.

 Müşterek Harp Enstitüsü Müdürlüğü'nün yeni kadrosu 13 Haziran 2017 tarihinde onaylanmıştır. Halen Yenilevent/İSTANBUL yerleşkesinde, Milli Savunma Üniversitesine bağlı beş Harp Enstitüsünden biri olarak Atatürk Harp Oyunu ve Kültür Merkezi binasında faaliyetlerine devam etmektedir.