Hava Harp Akademisi (HHA) 01 Kasım 1937 tarihinde HHA Müdürlüğü olarak Yıldız Sarayında kurulmuştur. İkinci Dünya Savaşı nedeniyle; 1941–1946 tarihleri arasında Ankara’ya taşınarak faaliyetlerini bugünkü Kara Kuvvetleri Komutanlığı binasında sürdürmüştür. Savaşı takiben tekrar İstanbul’a dönülerek eğitim faaliyetlerine 1975 yılına kadar Yıldız Sarayında devam edilmiştir. 12 Eylül 1975 tarihinde Yeni Levent’te bulunan bugünkü tesislerinde eğitim öğretim faaliyetlerine başlamıştır. Başlangıçta eğitim öğretim faaliyetleri Deniz Harp Akademisi Komutanlığı binasında yürütülmüş, 1978 yılında Hava Harp Akademisi binasına taşınılmıştır. Nihai olarak, 2019 yılında yeni inşa edilen Kuvvet Harp Enstitüleri Müşterek Binasına taşınılmış ve hâlihazırda eğitim öğretim faaliyetlerine söz konusu binada devam edilmektedir.

    Türk askeri eğitim-öğretim sisteminin yeniden yapılandırılması kapsamında 31 Temmuz 2016 tarihli 669 sayılı kararname ile Harp Akademileri Komutanlığı ilga edilmiş ve Milli Savunma Üniversitesi kurulmuştur. 9 Kasım 2016 tarihli 6756 sayılı Kanunla yasalaştırılan bu düzenlemeye göre, eski Kuvvet Harp Akademileri yerine, Kuvvet Harp Enstitüleri oluşturulmuş ve 14 Kasım 2016 tarihli 2016/9522 sayılı Bakanlar Kurulu kararı ile Kara/Hava/Deniz Harp Enstitüsü Müdürlüğü MSÜ Rektörlüğüne bağlı olarak faaliyetine başlamıştır.

    Hava Harp Enstitüsünün eğitim ve öğretimi iki kademeden oluşmaktadır. Birinci Kademe yüz yüze eğitimi; Karargâh Subaylığı Eğitimi, İkinci Kademe eğitim ise Komuta ve Kurmay Eğitimi olarak adlandırılmaktadır. Birinci Kademe; bir yarıyıl/dönemden oluşan uzaktan eğitim aşaması ile bir yarıyıl/dönemden oluşan yüz yüze eğitim-öğretim aşamasıdır. İkinci Kademe ise; iki yarıyıl/dönemden oluşan bir akademik yıllık eğitim-öğretimi ihtiva etmektedir. Kademeler ve kademeleri oluşturan aşamalar birbirini takip edecek şekilde icra edilmektedir.

      Enstitü bünyesinde “Güvenlik Stratejileri ve Hava-Uzay Gücü Çalışmaları” Yüksek Lisans Programı icra edilmekte olup,  Harekât Anabilim Dalı, Harp Tarihi Anabilim Dalı, Strateji ve Güvenlik Anabilim Dalı ve Komuta, Liderlik ve Yönetim Anabilim Dalı olmak üzere dört Anabilim Dalı faaliyette bulunmaktadır.