1974 yılında Bafra’da doğdu. İlk ve orta öğrenimini Bafra’da tamamladı. 1995 yılında Ondokuz Mayıs Üniversitesi Eğitim Fakültesi Tarih Öğretmenliği Programından mezun oldu. Aynı yıl Ondokuz Mayıs Üniversitesi Eğitim Fakültesi Tarih Öğretmenliği Bölümü’nde araştırma görevlisi olarak göreve başladı. 1998 yılında “15. Fırka’nın Samsun’daki Faaliyetleri (1919-1921)” konulu çalışması ile yüksek lisansını tamamladı. 2003 yılında Ondokuz Mayıs Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsü Tarih ABD Türkiye Cumhuriyeti Tarihi Bilim Dalı’nda “İttihat ve Terakki Fırkası’nın Dağılması” konulu tez çalışması ile doktorasını tamamlayarak bilim doktoru unvanını aldı. 2005 yılında Sakarya Üniversitesi Eğitim Fakültesi Sosyal Bilimler Eğitimi Anabilim Dalına yardımcı doçent olarak atandı.  Sakarya Üniversitesi Eğitim Fakültesi İlköğretim Bölüm Başkanlığı (2006-2011); Atatürk İlkeleri ve İnkılap Tarihi Araştırma ve Uygulama Merkezi Müdürlüğü (2006-2011)görevlerini yürüttü. Ocak 2009 tarihinde Türkiye Cumhuriyeti tarihi alanında doçent unvanını aldı. 2011 yılında Ondokuz Mayıs Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Tarih Bölümü Türkiye Cumhuriyeti Tarihi Anabilim Dalı’nda doçent olarak atandı. 2014 yılında aynı anabilim dalında profesörlüğe yükseltildi. 2014-2016 tarihleri arasında dekan yardımcılığı görevinde bulundu. Aynı tarihler arasında Polis Akademisi Güvenlik Bilimleri Fakültesi’nde kısmi zamanlı olarak dersler verdi. 2017 yılında Gümüşhane Üniversitesi Rektör Yardımcılığı görevine atandı ve aynı üniversitede İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi dekanlığı görevini yürüttü.  Temmuz 2020 tarihinde Milli Savunma Üniversitesi Fatih Harp Tarihi Araştırmaları Enstitüsü Yakınçağ Harp Tarihi Anabilim Dalı profesör kadrosuna naklen atandı.  Halen Ekim 2020 tarihinden itibaren Fatih Harp Tarihi Araştırmaları Enstitüsü Müdür Vekili görevini sürdürmektedir. 2009 ve 2011 yıllarında Amerika Birleşik Devletleri Kaliforniya Üniversitesinde misafir öğretim elemanı olarak çalıştı. Ulusal ve uluslararası hakemli dergilerde çok sayıda yayın yapmış olan Bünyamin KOCAOĞLU’na ait yayınlanmış üç adet kitap bulunmaktadır. İngilizce bilmekte olup evli ve iki çocuk babasıdır.